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前言介绍
CIBERSORT 由斯坦福大学研究团队开发，采用去卷积的算法，基于转录组数据，在混合的细胞中估算出免疫细胞的组成和丰度，目前已经引用近千次。第一版本的CIBERSORT于2015年发表在Nature Methods上，目前升级版本的CIBERSORTx于2019年发表在Nature Biotechnonogy上。
CIBERSORT 是基于线性支持向量回归（linear support vector regression）的原理对人类白细胞亚型的表达矩阵进行去卷积的一个网页版工具。多用于芯片表达矩阵，对未知混合物和含有相近的细胞类型的表达矩阵的去卷积分析优于其他方法 (LLSR,LLSR,PERT,RLR,MMAD,DSA) 。该方法仍然是基于已知参考集，提供了22种白细胞亚型的基因表达特征集—LM22. 网址链接：http://cibersort.stanford.edu/
CIBERSORT是基于线性支持向量回归的原理对免疫细胞亚型的表达矩阵进行去卷积的一个工具，可用RNA-Seq的数据来估计免疫细胞浸润情况。 用户只需要注册一个账号，就可获得500M存储数据和结果的空间。操作时，只需上传标准的表达矩阵文件即可分析免疫浸润；如果想要分析包含其他细胞类型的浸润比例，则需按照官网提示的格式上传相应的文件。
工具特点
单细胞 RNA 测序已成为现代医学研究的有力技术，使得科学家可以研究单个细胞的表达及行为，比如癌症等疾病。但是该项技术还无法用于保存的组织样本，并且价格昂贵，无法大规模应用于临床常规检测。
为了解决这些缺点，斯坦福大学医学院的研究人员发明了一种名为 CIBERSORTx 的计算软件，可以直接从全组织样本或数据集中分析单个细胞基因表达。
研究小组用该技术分析了 1000 多个肿瘤样本，不仅发现预期中的癌细胞与正常细胞不同，而且发现浸润肿瘤的免疫细胞与循环免疫细胞的作用也不同，甚至癌细胞周围的正常结构细胞也与器官其他部位的相同类型的细胞不同。
“癌细胞正在改变肿瘤中的所有其它的细胞”，纽曼说。研究人员甚至发现，相同免疫细胞侵润不同类型肺癌后有较大差异。
CIBERSORTx 的主要优势在于它可以应用于 FFPE 组织样本（绝大多数肿瘤样本类型）。大多数的 FFPE 样品不能通过单细胞 RNA 测序进行分析，因为细胞膜被破坏或细胞不能彼此分离，由此，导致单细胞 RNA 分析对于大多数大型研究和临床试验而言是不切实际或不可能的。
注册流程
CIBERSORT数据库需要一个非营利性机构edu教育邮箱来注册，我们打开注册地址https://cibersort.stanford.edu/register.php
如下图所示：
For Non-Commercial use only. Non-academic and commercial users should go here. If you are a member of an academic or non-commercial organization, please use your organization’s email. Personal (e.g. Gmail, Yahoo, Hotmail, etc.) and commercial emails ending in .com will be automatically rejected.
仅用于非商业用途。非学术和商业用户应该去这里。如果您是学术或非商业组织的成员，请使用您所在组织的电子邮件。以 .com 结尾的个人（例如 Gmail、Yahoo、Hotmail 等）和商业电子邮件将被自动拒绝。
我们填写信息的时候：
姓名部分：First Name* Last Name*
邮箱部分：Email* 学校名称：Organization*您的工作地点或您所属的研究机构。
组织所在城市：City* 所在街道：State or Province* 组织所属国家：Country*
账号验证
感谢您注册！确认电子邮件已发送至 ljaime4698@xxxx.edu
请点击激活链接来激活您的帐户。请注意，该链接将在 1 小时后过期。如果您的链接已过期，当您点击旧链接时，您将收到另一个激活链接。
我们填写完信息点击提交后，我们的edu邮箱会收到来自cibersortx的标题为：“CIBERSORTx Registration Confirmation”的验证邮件。
To activate your account, please click on this link:Activation Link，If clicking on this link does not work, please copy the link below and paste it into your browser。
审核成功
我们验证完后，账号并不能马上使用，需要cibersortx的官方人工审核批准，等人工审核批准通过后才能登录使用，同时会收到通知邮件。我们如果使用美国edu邮箱是直接秒过cibersortx的。
Approved: CIBERSORTx Account Activation Request
Your request for CIBERSORTx account activation has been approved. You may now log in to the CIBERSORTx website.
简单使用
第一步，上传数据，如下图所示，点击Menu—Upload files—Add files上传txt数据，数据格式详见示例数据。
第二步，配置参数，准备运行，点击Menu—Run CIBERSORTx—2.Impute Cell Fractions，具体的配置如下：
为了加速运行的速度，Permutations for significance analysis这里选择了50次：
第三步，运行一段时间之后，可以看到结果，Menu—Job Results，点击CSV或者XLSX可得到预测的结果，即为模块一的输出数据。
邮箱获取
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我们查看团队设置https://fish.audio/zh-CN/app/team/?tab=usage 里面是没有领取80,000积分的赠送额度。只有赠送的8000额度。
（失败）余额仍卡在8,000/8,000，无任何入账流水，只拿到普通免费版基础额度，属于典型的认证或链接未生效。
后台显示余额88,000/88,000，下方流水明确记录“Credit link package credit claim +80,000”，说明在基础免费额度（8,000）外，成功白嫖了8万教育包积分，这正好印证了上一轮说的“额外大额积分”，下次刷新在12月6日。
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